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一年戦争後期 （『機動戦士ガンダム』）
宇宙世紀0079年9月18日、地球連邦軍の新造艦ホワイトベースを追ってジオン公国軍の巡洋艦ムサイが周辺空域に侵入、コロニー内へのザクII強襲に遭遇する。

当時15歳の彼は、避難の最中に「V作戦」の極秘ファイル（ガンダムの操縦マニュアル）を偶然入手し、アイドリング状態だったガンダムに乗り込みザクを倒すために起動。強襲を仕掛けたザクを初陣にして2機撃破する。なお、この戦闘が歴史上初の実戦におけるモビルスーツ同士の対戦であった。また、父親のテム・レイはこの戦闘で宇宙空間に放り出され行方不明となる。

その後は民間人でありつつもホワイトベースの乗組員としてガンダムに搭乗し、ホワイトベース地球降下を阻止すべく執拗に追い迫るジオン軍のエースパイロット、そして以後宿命のライバルとして戦い続けることとなるシャア・アズナブルの追撃を振り払う日々が始まる。

この頃は、なし崩しとはいえまともにガンダムを操れたのはアムロのみであった事から、何時の間にか地球連邦軍の正規パイロットのように扱われるようになる。

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ガンダムSEEDは邪道