靖国が宗教法人であることを否定するつもりはありません。
ただ、参拝しただけで違法というのはおかしいのではないでしょうか？
政教分離は宗教の介入によって政治がおかしくなるのを防ぐためのものです。この場合ただお参りして帰るだけでその心配の及ぶところではないと思います。